東京奪還編、開戦。 　　謎の少年・スティグマ率いる“アマラリルク”との戦いを経て少し成長したシャイ。 　　日本に戻ってきた彼女が出会ったのは、忍者の里から家出中という少女・天王寺曖だった。 　　彼女は“アマラリルク”の一員を追って里を出てきたとシャイに告げる。 　　そんな中、東京が突如黒球に包まれて消失する事件が発生。ヒーローたちは東京を救出するため出動するーー。

云飞雪的父亲云天罡与哥哥云飞山在八年前在护送龙脉的任务中惨遭暗算，云家血脉仅剩年幼的云飞雪，而云飞雪也被一股神秘的力量所寄生，那股力量竟与云飞雪合二为一，并幻化出一个与他一模一样的幻影，幻影寄生于云飞雪的意识之中，时刻准备着积蓄力量，吞噬掉他的神魂。刚刚压制住体内幻影的云飞雪收到父兄惨死的噩耗，心知若想为亲人报仇，重振云家，只有韬光养晦，隐藏实力。他明里游手好闲，背地里却聚集了一个名叫“暗影”的组织，暗中调查当年谜案。                                                                    在潜龙城看似无忧无虑的生活中，其实危机四伏。经过调查，云飞雪找到了当年的线索，顺藤摸瓜找到了当年幕后操控的组织——金龙卫！此时的金龙卫已经不再是皇帝身边值得信任的护卫组织，而是由前朝宦官李圣义操控，以当朝太子为傀儡的邪恶组织，其势力遍布庙堂与江湖。于公于私，云飞雪都要铲除这个祸害人间的组织，但金龙卫实在太过强大且行事缜密，目前云飞雪的实力还不足以与其对抗，只能暗中破坏其计划。                                                                    但金龙卫的势力已经越来越嚣张，先是暗中出手，灭了东夷一族，强抢增元强体的玄元丹。而后金龙卫的走卒肖无夜也暗中设计离间云飞雪和伙伴文青青，利用文青青来对付云飞雪。另一边金龙卫设计坑害了一直帮助云飞雪的冰城公主——薛思雨，薛思雨被家里强行召回。金龙卫对云飞雪也有所怀疑，将所有的矛头都指向了他，他明白不能再坐以待毙下去。通过“暗影”，云飞雪得知消息，金龙卫不久后在千幻岛与叶家有一场神秘交易，在千幻岛上云飞雪帮助叶家赢得了玉脉，渡过难关，从而和叶家少主——叶轻羽结为兄弟。通过叶轻羽，云飞雪得知，金龙卫一直在暗中搜寻珍贵宝物来帮助圣主——一本李圣义用来修炼的神秘武功秘籍，而这本秘籍居然是云飞雪失踪多年的母亲所留下的。与此同时云飞雪打探到，哥哥云飞山似乎还活着。父亲云天罡的死，居然和自己的哥哥有关，似乎围绕自己的谜团越来越变得诡异，云飞雪这时才发现，早在八年前，一个针对自己的阴谋早已经悄然展开……

神秘事件管理机构「民调局」的特别调查员沈辣，在执行任务中身受重伤，濒死之际接受了六室主任吴仁荻的传承-蕴含神秘力量的“种子”。苏醒后，吴仁荻师兄-广仁收其为徒。为寻天理图碎片，沈辣在历经天山狼冢、能量反噬、基金会密谋等事件后，终获吴仁荻认可，得到他给与的远古神器-罪罚双剑。与此同时，民调局的内鬼问题也更加扑朔迷离，沈辣和搭档孙德胜再次投入战斗。

故事时间为战国时代，世上具有各种魑魅魍魉、异形妖怪等等总称为「暗」的存在。喜欢人类的暗·妖狐小玉，以及厌恶人类的仙道·迅火，姊弟两人进行著扫荡罪恶的救世活动。另外还有一群专门对付暗的僧侣·断怪众，他们以不人道的方式进行人体改造，迅火等人与他们产生激烈冲突！人类当中也有坏人，非人类的存在也不见得都是邪恶的，迅火因过去的事而极其讨厌人类，但在旅程当中，也逐渐目睹到人类善良的一面，他是否能有所转变呢……